Obec leží v západnej časti Liptova v doline potoka Malatianky. Dediny s názvom, Malatíny – Vyšné, Nižné, ale aj Prostredný, vznikali od stredoveku v okolí potoka Malatianka v strednej časti Liptova v susedstve veľmi starých slovanských sídlištných celkov akými boli Ľupča a Ľubeľa. Rovnako starý je aj názov potoka Malatianka.
V roku 1268 sa spomína údolie potoka Malatianka v donácii Bela IV. Markusovi a jeho synovi Mikulášovi, predkom zemianskeho rodu Filpešovcov z Liptovských Kľačian. Malatínsky majetok vlastnil pred rokom 1341 zeman Mece (Matej), ktorý mal aj majetkový podiel v susednom ľubeľskom majetku ešte aj v roku 1359. Podľa neho sa nazývala aj pôvodná osada na území Malatínov – Mecefeld (Meceho zem). Tento majetok (Vyšný a Nižný Malatín – possessionum Malatiny et Alterius Malatiny seu Meczefuld) sa opäť stal kráľovským majetkom. Kráľ Karol Róbert pred rokom 1341 daroval majetok v strednej časti údolia rieky Malatianky synom Batisa a Demka výmenou za majetok Belsko, ktorý bol pričlenený k Hrádockému panstvu. Dva Malatíny existovali už v polovici 14. storočia. Najstarším sídliskom bol však Nižný Malatín. Stredný Malatín vznikol až koncom 14. storočia. Stredný Malatín v 16. storočí zanikol, ale neskôr sa tu dedina opäť obnovila.
Nižný Malatín patril zemanom Malatínskovcom, neskôr aj Feherpátakyovcom a Kiselovcom. Žila tu aj rozvetvená rodina libertínov Sokolovcov. Stredný Malatín patril zemanov Pethöovcom.
Obce splynuli do jednej po roku 1888 a používali názov Tri Malatíny (Hárommalatin). Súčasný názov používa obec od roku 1927.
Obyvateľstvo sa zaoberalo od počiatkov poľnohospodárstvom, neskôr aj garbiarstvom a od 19. storočia nádenníctvom. V období prvej Československej republiky sa tu rozvinulo okrem poľnohospodárstva aj tkáčstvo a košikárstvo. Počas SNP bolo v obci sídlo partizánskeho oddielu Jegorov. V roku 1956 tu vzniklo jednotné roľnícke družstvo a v roku 1966 sa pripojilo k Štátnym majetkom v Liptovskom Mikuláši.
Malatíny patrili v stredoveku pod cirkevnú právomoc farára vo Svätom Michale spolu s Nemeckou (Partizánskou) Ľupčou a Liptovskými Sliačmi. Po vzniku samostatnej farnosti v Ľupči sa Malatíny stali jej filiálkami. Deti zemanov z Nižného a Vyšného Malatína navštevovali podľa možnosti a potreby školu v neďalekej Nemeckej (Partizánskej) Ľupči od konca 16. storočia. Zastupiteľstvo obce Nižné Malatíny malo snahu viackrát počas 19. storočia zriadiť v obci školu. V roku 1885 dokonca oficiálne požiadali zástupcovia obce školského inšpektora v Liptovskom Mikuláši o povolenie zriadenia štátnej školy v obci. Žiadosť však nebol priaznivo vybavená s odôvodnením, že do blízkej Nemeckej Ľupče je pešo len niekoľko minút a tam úspešne funguje rímsko-katolícka, evanjelická aj štátna škola.
